Desde antes de tomar posesión del cargo, Guillermo Botero inició con polémica, pues entregó declaraciones controvertidas como que la protesta social debería ser reglamentada en el país, por lo que le llovieron críticas de sectores sociales.
Pero quizá los casos que más presionaron la salida del Ministerio de Defensa fueron los siguientes:
1. Supuesto retorno de falsos positivos. El Ministro Botero fue un férreo defensor de la política militar del general Nicacio Martínez, comandante del Ejército, quien pidió medir a sus unidades por resultados en combates, lo que algunos sectores consideraron como el retorno de los falsos positivos.
2. Crimen de Dimar Torres. La muerte a manos de militares del excombatiente de la extinta guerrilla de las Farc, Dimar Torres, fue otro de los casos que el ministro trató de minimizar; sin embargo, con el paso de las semanas se conocieron detalles escabrosos sobre el supuesto plan que habrían fraguado varios militares para matar a Torres, en Norte de Santander.
3. Caso La Lizama: Otro de los casos por los que fue cuestionado el Ministro Botero, fue la muerte de un menor de edad dentro de una base militar, cuando este intentó ingresar sin autorización al complejo militar en Barrancabermeja, Santander y allí uno de los uniformados accionó su arma ocasionando el deceso del joven.
4. Otro de los casos que empañó la labor de Botero, fueron las falsas fotografías que entregó el presidente Iván Duque, a Naciones Unidas, en un dosier de inteligencia militar sobre la presencia del ELN en territorio venezolano. Algunas fueron tomadas en Colombia.
5. Las recientes masacres ocurridas en el departamento del Cauca, a manos de reductos de la extinta guerrilla de las Farc, fueron otro detonante para que diversos sectores cuestionaran la labor del ministro de Defensa e indicaran que había perdido el control de la seguridad en el país.
6. Los continuos crímenes de excombatientes de las Farc y los más de 100 indígenas asesinados este año, también hicieron que su gestión al frente de esta cartera fuera criticada.
7. Otro caso que puso en entre dicho el conocimiento del Ministro de Defensa en el sector de seguridad, fue su pronunciamiento sobre el crimen frente a uno de sus hijos de María del Pilar Hurtado, en Tierra Alta Córdoba. En su momento Botero afirmó que había sido el ELN y luego tuvo que rectificar e indicar que estaba en investigación el caso.
8. Otro de los episodios por los que el ministro fue cuestionado, fue cuando en Puerto Carreño, en el departamento Vichada aseguró que el mayor problema que se presentaba en esta región del país era el hurto de ropa seca que se encontraba extendida en los patios de las casas secándose.
9. Durante la administración de Botero también se presentó la muerte de dos comandos de la Fuerza Aérea, cuando participaban del cierre de la Feria de la Flores y la cuerda que los sostenía de un helicóptero se reventara sin que hoy se conozcan las razonas de esta tragedia.
10. Sin embargo, el caso que hizo insostenible la permanencia del Ministro de Defensa Guillermo Botero en este cargo, fue la denuncia del senador Roy Barreras, quien señaló que durante un bombardeo en el Caquetá contra alias ‘Gildardo Cucho’, un cabecilla de la extinta guerrilla de las Farc, murieron 7 niños. Posteriormente la Fiscalía confirmó que fueron 8 menores de edad, información que supuestamente mantuvo oculta Botero, de acuerdo con Barreas.
Otros crímenes que opacaron la gestión de Botero fue el de Alexander Parra, un excombatiente de las Farc asesinado dentro de un Espacio Territorial de Capacitación y el de la candidata a la alcaldía de Suárez Cauca, Karina García.
-Otro de los casos polémicos durante la administración de Guillermo Botero fue la protección que le brindaba un coronel activo a alias ‘Gárgola‘, uno de los narcotraficantes más buscados del sur del país.
A estos casos hay que sumarle, la purga que tuvo que hacer el Ministerio de Defensa de general implicados en casos de corrupción como fue la situación del general Jorge Romero, quien fue enviado a prisión por traficar supuestamente con salvo conductos de para el porte de armas de fuego y por posible corrupción en contratos en Antioquia.